Entre las distinciones recibidas por Alfonso Rubio y Rubio, son de destacarse: la participación, como invitado de honor, en el Congreso Científico Mexicano, celebrado en 1951 con motivo del IV Centenario de la fundación de la Universidad Nacional Autónoma de México; la Encomienda de la Orden Civil de Alfonso X el Sabio, por parte del Ministerio de Educación Nacional de España (1953); la invitación, como ponente magistral, en el Seminario Nacional de Prospectiva de la Educación, celebrado en Monterrey (1981); el Nombramiento de Socio de Honor del Consejo Cultural de Nuevo León (1986) y la Medalla al Mérito Cívico en el campo de las Humanidades, otorgada por el Gobierno del Estado de Nuevo León (1989).

Además, en 1986, el Museo de Monterrey celebró en su honor un homenaje que culminó con la develación de una placa que dio su nombre a una de las salas del propio Museo y, con motivo del 450 Aniversario de la Fundación de Morelia (Antigua Valladolid), en 1991 el comité Morelia, Patrimonio de la Humanidad, le rindió un homenaje como uno de los poetas distinguidos de esa ciudad.